От зимния семестър на 1953/54 учебна година всеки от създадените 4 института поема по свой самостоятелен път. За разлика от другите 3 института, ИСИ не само не раздува структурата си, а напротив: приема от Държавната политехника без съществени промени Архитектурния и Хидротехническия факултет, а Геодезическия обединява със Строителния. Отделите се превръщат в специалности, повечето от които са непроменени до сега.
Това става при ректорството на проф. Ал. Квартирников, който отново е избран с тригодишен мандат, впоследствие продължен с още 4 години. За добра участ на Института той е за трети път ректор, непрекъснато от 1953 до 1960 г. След него ректор става проф. Васил Стоилов (1960-1967).
Декан на Архитектурния факултет с единствена специалност Архитектура става проф. арх. Александър Обретенов (1953-1958). След него декани са професорите: арх. Станчо Белковски (1958-1961) и арх. Атанас Делибашев (1961-1964).
Разширеният Строителен факултет има 5, за кратък период дори 6, специалности. Отделът Конструкции получава името Промишлено и гражданско строителство (ПГС), а отделът Съобщения се разделя на две специалности: Пътно строителство (ПС) и Железопътно строителство (ЖС); през 1960 г. те се обединяват в обща специалност Пътно и железопътно строителство (ПЖС). Отделът по земемерно инженерство преминава към Строителния факултет като специалност Геодезия, фотограметрия и картография (ГФК). Същото става и с отдела, по-късно специалност, Земеустройство (ЗУ), след едногодишно пребиваване в Селскостопанския институт. За много кратко време, през 1955 г. към Строителния факултет се открива още една специалност - Икономика и организация на строителството, която през 1957 г. се закрива. Първата година на ИСИ за Декан на Строителния факултет е избран проф. Васил Пеевски (1953-1954). След него последователно декани стават професорите: инж. Веселин Влайков (1954-1955), Георги Тотов (1955-1957), к.т.н. инж. Христо Върбанов (1957-1958), д-р инж. Балуш Балушев (1958-1959), отново инж. Васил Пеевски (1960-1962) и инж. Левчо Маноилов (1962-1964).
Хидротехническият факултет остава без промяна в структурата си. Отделът Водни сили става специалност Хидроенергийно строителство (ХЕС), а отделите Хидромелиоративно строителство (ХМС) и Водоснабдяване и канализация (ВиК) се превръщат в специалности под същото име. Декан на Хидротехническия факултет до 1955 г. остава инж. Димитър Върбанов (1952-1955), след него са професорите: Нено Иванчев (1955-1956 и 1958-1959), инж. Петър Петров ( 1956-1958), отново инж. Димитър Върбанов (1959-1962) и к.т.н. инж. Илия Гаджалски (1962-1963).
За всички специалности се правят нови учебни планове и учебни програми. За образец служат съветските, поради което не се стига до обединение на специалности. Стихийното откриване и закриване на нови специалности (ОИС, ТМС) или неколкократното разделяне и сливане на ПС и ЖС говори за недостатъчно задълбочено обсъждане и необосновано решаване на съществени въпроси по структурата на Института.
Нормализирането на учебния процес изисква повече преподаватели. През този период асистентите стават възпитаници на Държавната политехника и ИСИ. Те почти всички са сегашни професори и ръководители на катедри.
Характерно за последните години на Държавната политехника и първите на ИСИ, е военното обучение на студентите. Всички засегнати от него са могли да бъдат само доволни. Военната подготовка обхваща 8 семестъра със средно 4 часа седмично занятия, съответните изпити и трикратен двумесечен летен стаж, след което студентите биват произведени в първия офицерски чин. Вярно, че това отнема учебно време, но младежите печелят цели две години. Експериментът се оказва успешен, но за съжаление този начин на отбиване на военната служба е отменен към 1957 година.
Заслужава да се отбележи, че библиотеката на Държавната политехника не се разделя, а остава единна Библиотека при висшите технически институти в София с филиали към МЕИ, ХТИ и МГИ. Многократно центробежни сили се мъчат да я унищожат чрез подялба, но не успяват. Тя нараства и все още е най-голямата техническа библиотека в страната.
В 1954 г. е създадена институцията Ректорски съвет като съвещателен орган на Ректора. В състава му влизат: Ректорът (по-късно и Зам. Ректорите), Деканите, Секретарят на ВК на БКП, Председателят на профсъюзната организация, Секретарят на ВК на ДКМС и Пом. Ректорът.
Като кратък епизод минава Постановление 461 на Министерския съвет от 1954 г. за заетостта на преподавателите, според което простият до тогава начин за отчитане на преподавателската заетост се регламентира другояче. Ежедневно трябва да се записват (и измислят) редица дейности, с които формално да се отчита огромна годишна дейност. След няколко години тази наредба се заменя с друга и бива забравена.
През есента на 1956 г. отново надвисва черен облак над висшето образование. Повтаря се случилото се през 1949 г. с отстраняването на студенти по политически причини. За повод служат т.н. "унгарски събития". Създава се пак възможност за отмъщения, за наклеветявания. Този път - в силно намален мащаб. Благоприятно е обстоятелството, че Ректор е пак проф. инж. Алекси Квартирников, който, доколкото му е възможно, се противопоставя на изключването и при първа възможност възстановява студентските права на изключените. По главните книги бяха намерени 16 изключени студенти по фаталните чл. чл. 40 и 41 на ЗВО, от които 11 са възстановени в сравнително кратки срокове.
ИСИ обучава през 1963 г. 2542 студенти и дава на страната 3160 архитекти и инженери, които с чест заемат местата си в проектантските организации и по строителните площадки не само у нас, а и в чужбина.
Обучението осигуряват: 53 професори, 54 доценти, 298 асистенти и преподаватели и 110 хонорувани. 100 души имат вече научна степен: двама доктори и 98 кандидати на науките.